בעקבות ממצאי מבקר המדינה החל משנת 1999 גופים הפונים בבקשה לתמיכה ממשרד ממשלתי , והחל משנת 2001 גם עמותות הנותנים שירותים למשרדי ממשלה חייבים להציג אישור על ניהול תקין של העמותה.

הקריטריונים שנקבע:

1. על העמותה לעמוד בכל דרישות החוק,
2. נכסי העמותה והכנסותיה משמשים אך ורק את מטרות העמותה.

לצורך קבלת אישור ניהול תקין על העמותה צריכה לעמוד ב-3 תנאים:

1. הגשת מסמכים הנדרשים בהתאם לחוק.
2. הוכחה על פעילות רצופה לפחות במשך שנתיים.
3. אישור רשם העמותות בדבר תקינות המסמכים שהוגשו, ועמידה בדרישות החוק.

בהתאם לחוק ניתנה סמכות לרשם העמותות לפרסם מידע והנחיות כיצד לנהל את העמותות וחל"צ באופן תקין בהתאם להוראות החוק. עמותה שלא עומדת בהתאם להנחיות לא תקבל אישור ניהול תקין. מידי שנה יש להגיש בקשה, ואישור יתקבל לאחר בדיקת המסמכים שהוגשו במשרדי רשם העמותות. כמו כן כחלק מתוכנית העבודה של רשם העמותות, מקיים רשם העמותות ביקורות עומק בעמותות, באמצעות משרדי רואי חשבון הפועלים מטעמו.על העמותה לקבל הנחיות כיצד לארגן פעולותיה על מנת שהעמותה תהיה זכאית לאישור ניהול תקין. לרואה החשבון של העמותה יש תפקיד מרכזי במתן הנחיות לעמותה. בדוחות השנתיים של העמותה, על העמותה להקפיד לדווח בהתאם לגילויי הדעת של לשכת רואי החשבון, ובהתאם לתקינה החשבונאית. האחריות על עריכת הדוחות הכספיים הינם על ועד העמותה , גם אם ועד העמותה משתמש בגורם חיצוני, כמו רואה חשבון.